ملا محمد تقى در ميان علماى مذهبى بكاهد و او نتواند آشكارا به امر تصوف متوسل شود . او خدمات زيادى به تصوف و كلام از بسيارى لحاظ انجام داد . وى نخستين عالم شيعى بود كه متون احاديث ائمه را توسعه و تبليغ كرد و مطالعه آنها را مورد تشويق قرار داد تا آنجا كه به پدر علم الحديث در دوره صفوى شهرت يافت . او همچنين با بهره‌گيرى از مرجعيت و هوادارى خود از تصوف در محافل مذهبى ، زندگى صوفيانه را ساده و بىپيرايه گردانيد . پسرش ملا محمد باقر ( متولد 1037 / 8 - 1627 ، متوفى 1111 / 1700 - 1699 ) از بسيارى لحاظ شخصيت متفاوتى داشت . او از نظر سياسى متنفذتر از پدرش بود . وى را بايد يكى از علماى مقتدر عصر صفوى برشمرد . محمد باقر بسيار قشرى و ظاهرى بود و با تصوف جاافتاده و سازمان‌يافته آشكارا به مخالفت برخاست و آن را محكوم ساخت تا آنجا كه وابستگى پدرش را به تصوف انكار كرد . در واقع او در حوزه‌هاى مذهبى شيعى دوره پسين صفوى يكى از وحشتناكترين سخنگويان مخالف بعضى از طرائق صوفيه برشمرده مىشد . مجلسى با همان توان و نيرو به مخالفت با حكمت كه تعاليم آن با تعاليم صوفيه درهم تنيده شده بود ، برخاست . مجلسى دوم از نويسندگان پركار شيعه محسوب است و احتمالا آثار خود را با كمك تعدادى از شاگردان خويش نوشته است . به ديگر سخن تأليف اين آثار كه شمار آنها بيش از صد كتاب است و بحار الانوار سترگ را نيز شامل مىشود ، از عهده يك نفر ساقط است . خود بحار الانوار كه بالغ بر بيست و شش جلد مفصل با چاپ جديد است ، دانشنامه وسيعى از معارف شيعه در ارتباط با جنبه‌هاى مختلف اسلام در مقام يك دين و نيز علوم دينى اسلام و تاريخ انبياء و ائمه است . اين اثر تا به روزگار ما گنجينه‌اى از اطلاعات درباره مقاطع مختلف شيعى برشمرده شده است . آثار ديگر مجلسى دوم با علوم گوناگون مذهبى سروكار دارد . بعضى از معروفترين آنها از جمله حق اليقين و حلية المتقين هردو به زبان فارسى و صراط النجات به عربى درباره اصول دين ، احاديث و كلام در مفهوم عمومى ، نه به مفهوم اخص و فنى كلام است . ولى مجلسى در تفسير اصول الكافى كلينى به علوم فكرى رجوع كرده و ظاهرا تحت تأثير تفسير ملا صدرا قرار گرفته است . به همين ميزان در زاد المعاد هم به تعاليم باطنى اسلام مراجعه كرده و همين نشان مىدهد كه مجلسى كاملا با اين نوع مباحث بيگانه نبوده و به حكماء و صوفيان بيشتر بنا به شرايط زمانه‌اش كه ضرورت دفاع از شريعت و نهادهاى رسمى مذهبى را ايجاب مىكرده ، حمله كرده است . بهرحال مجلسى نشان محوناشدنى بر كل تفكر بعدى شيعه نهاد و ضمنا مخالفت او با حكمت فقط شكوفائى جديد آن را در دوره قاجار تا حدودى به تعويق انداخت .